დაიბადა 11 თებერვალს 1969 წელს შერმან ოუქსში, კალიფორნიაში, აშშ. ამერიკელი მსახიობია. ჯენიფერი დაიბადა მსახიობის ჯონ ენისტონის და მოდელის ნენსი ენისტონის ოჯახში. მისი ბაბუა(გვარად ანასტასაკისი) აშშ–ში ჩამოვიდა საბერძნეთიდან და სასადილოს მფლობელი გახდა. ჯენიფერს ორი ძმა ყავს – ჯონ მელიკი და ალექს ენისტონი. ენისტონის ნათლი მამა – მსახიობია ტელი სავალასი, მისი მამის საუკეთესო მეგობარი. ერთ წლამდე ენისტონი საბერძნეთში ცხოვრობდა, მაგრამ მერე ოჯახი ნიუ–იორკში გადავიდა, სადაც მამამ როლი მიიღო საპნის ოპერაში 'ცხოვრების სიყვარული'. როდესაც გოგონა 9 წლის იყო, მისი მშობლები განქორწინდნენ. ის დედასთან ერთად დარჩა, მაგრამ ხშრად ჩადიოდა მამასთან ლოს–ანჟელესში, სადაც ჯონ ენისტონი ერთერთ მთავარ როლს ასრულებდა სერიალში 'ჩვენი ცხოვრების დღეები'.
11 წლის ასაკში ჯენიფერმა თამაში დაიწყო რუდოლფ შტაინერის სკოლის დრამატულ წრეში. 
თავისი პროფესიონალური განათლება მან გააგრძელა ნიუ–იორკის სამსახიობო ხელოვნების სკოლაში 1987 წელს.
ჯენიფერ ენისტონი სცდილობს არ ილაპააკოს დედასთან გატარებულ წლებზე. უფრო მონდომებით ის იხსენებს, რომ იმ წლებში ის გიჟდებოდა ჯგუფზე Duran Duran და ხატვა უყვარდა. როდესაც ჯენიფერ ენისტონი 11 წლის იყო, მისი ერთერთი ნახატი გამოფენაზე მოხვდა მუზეუში Metropohten.
სამსახიობო ხელოვნებით გატაცება სკოლის დრამატული წრიდან დაიწყო, როდესაც ის ცხრა წლის იყო. თოთხმეტი წლის ჯენიფერმა უკვე რთულ გასაუბრებას და მოსმენას გადიოდა ნიუ–იორკის ხელოვნების სკოლაში, სადაც მიიღეს რა თქმა უნდა. სკოლის დამთავრების შემდეგ, ენისტონი აღმოჩნდა არჩევანის წინ. მან ერთროულად დაიწყო როლების ძებნა ბროდვეის მიღმა დადგმებში და ფსიქოლოგიის კურსებზე სიარული. კურსებზე მხოლოდ 5 თვე იარა, შესაძლოა, ფსიქოტერაპევტი გახდებოდა, მაგრამ ამ დროს პიესაში გამოჩნდა როლი, და ჯენიფერ ენისტონის ბედი გადაწყდა. ის ნამდვილ პროფესიონალურ სცენაზე გამოვიდა და მიხვდა, რომ კონკურსებზე არ დაბრუნდება. მაგრამ პიესამ დიდ ხანს არ იარსება სცენაზე, და ჯენიფერს მოუწია იმით დაკავება რითაც ხშრად არიან დაკავებული უმუშევარი მსახიობები – ის ოფიცინტი გახდა სასადილოში სახელწოდებით 'ჯექსონის ხვრელი'.
თეატრში საინტერესო როლი მეტი არ გამოჩენილა, და ორი წლის შემდეგ ჯენიფერმა გადაწყვიტა ლოს–ანჟელესში წასვლა. ბოლოს და ბოლოს მან იპოვა აგენტი, რომელიც დათანხმდა ის წარმოადგინოს, თუმცა ენისტონს სასტიკი პირობა დაუყენა – მას 30 ფუტი უნდა დაეკლო. თავიდან ჯენიფერმა უარი თქვა ასეთ პირობებზე, მაგრამ უმუშევრობამ აიძულა მას დიეტაზე დაჯდომა. ამის შემდეგ მას ელოდებოდა როლები რამოდენიმე ნაკლებად წარმატებულ სერიალებში, და ბოლოს და ბოლოს, 193 წელს ჯენიფერ ენისტონმა პირველად მიიღო მონაწილეობა 'B' კლასის საშნელებათა ფილმში – 'ლეპრეკონი'.
პირველმა მნიშვნელოვანმა ჯენიფერის კინოროლმა ფილმში 'ის ისეთია' აჩვენა, რომ მას არ ეშინია ეკრანზე ულამაზო გამოჩნდეს.